La Villa de Santa María de Betancuria es fundada en 1404 tras la conquista y pacificación de Fuerteventura por los conquistadores normandos Jean de Bethencourt y Gadifer de La Salle. Su localización, alejada de la costa y situada en un valle fértil, obedece a razones estratégicas facilitando la defensa en caso de incursiones externas además de contar con salidas naturales a los puertos naturales de la costa occidental de Fuerteventura.
Tras la pacificación de la isla los conquistadores normandos se ocupan de establecer instituciones para el gobierno y aprovechamiento de los recursos económicos de la isla. La organización dada por Bethencourt a la isla (1404-1418) sería calcada de las costumbres y leyes del feudalismo normando. Por lo tanto será desde el Valle de Santa María, será de esta manera como figurará Betancuria hasta bien entrado el siglo XVI en distintos documentos de la época, desde donde se aplicará la justicia en primera instancia al igual que los temas referidos a la hacienda, obras, guerra, legislación, religión, etc., aunque dependiendo del teniente –gobernador que deja Jean de Bethencourt tras su marcha a Normandía, su sobrino Maciot de Bethencourt que reside en Lanzarote.
En 1422, tras la compra del señorío por el Conde de Niebla cuatro años antes, el señorío comienza a regirse por leyes castellanas mediante el Fuero Toledano. Esto implicaba que en Santa María de Betancuria se establecerían las instituciones y cargos propios del modelo señorial castellano (Cabildo o ayuntamiento, alcalde mayor, regidores, etc.) con jurisdicción sobre toda la isla.
Estas instituciones de gobierno de la isla se consolidarán a lo largo del siglo XV, hecho que queda constatado en el acta de toma de posesión del señorío por los nuevos señores Diego de Herrera e Inés Peraza en 1455. Tras su llegada a la isla ponen nuevos cargos de confianza en las instituciones de gobierno de la isla por lo que se deduce que el modelo municipal establecido a partir de 1422 se había desarrollado y consolidado. Los nuevos señores establecen su residencia en Santa María de Betancuria, a la que vienen por temporadas, al igual que la clase dominante de la isla. La Villa de Santa María de Betancuria se consolida desde este momento como cabeza del señorío en Fuerteventura, donde las instituciones establecidas, Cabildo o ayuntamiento, y los cargos elegidos por el señor, Alcalde mayor, regidores, gobernarán en nombre del señor de la isla durante varios siglos.
La Villa de Santa María de Betancuria también será sede de las instituciones eclesiásticas, tanto de carácter regional como insular. En 1416 se crea la Vicaría Franciscana de Canarias, con sede en Santa María de Betancuria teniendo jurisdicción sobre todas las islas de Canarias excepto Lanzarote. Sus funciones serán las de organizar la obra misionera franciscana en Fuerteventura y el resto de Canarias además de asumir las tareas propias del clero secular hasta que se establezcan; administrar los sacramentos a todos los fieles. En 1424 se crea el Obispado de Fuerteventura siendo la sede episcopal Santa María de Betancuria. Estas dos instituciones religiosas convertirán a Santa María de Betancuria en el foco de la obra misionera franciscana en Canarias hasta que acaba la conquista del resto de las islas a finales del siglo XV recayendo esta tarea en los monjes franciscanos. Este obispado, de corta duración (1424-1430), tendrá un único obispo, Martín de las Casas, que no llega a residir en la isla.
Santa María de Betancuria será además el centro rector de la vida religiosa en Fuerteventura ya que desde su fundación será la parroquia matriz de la isla durante tres siglos, contando con dos beneficios desde 1533, hasta que se crean las primeras parroquias sufragáneas de Pájara y La Oliva en la primera década del siglo XVIII.
Las instituciones militares tenían su sede también en Santa María de Betancuria ya que el jefe militar de la isla era el Señor del que dependían el resto de los cargos (capitanes, alféreces …) los cuales establecían su residencia en la capital. Esta situación se fue modificando en respectivas reformas militares que perseguían la anulación del poder señorial por parte de la Corona Española. Hasta la aparición del cargo del Coronel de milicias la Villa de Santa María de Betancuria será el centro del poder militar, función que se irá desplazando a La Oliva durante el siglo XVIII con los Coroneles.
Aunque es el segundo asentamiento en fundarse por los conquistadores normandos se la considera la primera ciudad levantada en canarias. La villa de Santa María de Betancuria nunca tuvo un aspecto urbano semejante a la de otras ciudades que surgieron en Canarias en los siglos XV y XVI caracterizándose por la ausencia de una trama urbana y auténticas calles. Este urbanismo irregular, único entre las capitales canarias de la época, lo podemos contemplar en el trazado de sus calles y en la disposición de las construcciones que se adaptan a la orografía del valle en el que está situada Betancuria.
Posiblemente la primera construcción es el castillo de Valtarajal levantada por Gadifer de La Salle según las crónicas de conquista. En 1410 Jean de Bethencourt manda edificar el primer templo bajo la advocación de Santa María, levantándose sobre una capilla o ermita edificada previamente bajo la dirección de Jean le Maçón siguiendo los cánones del Gótico normando. En 1424 pasa a tener la consideración de iglesia-catedral tras la creación del Obispado de Fuerteventura aunque de forma efímera debido a la anulación del Obispado en 1430. En 1593 es destruido en el ataque de Xaban Arráez iniciándose su reconstrucción inmediatamente aunque se prolongará durante varias décadas. El templo actual es fruto de esa reconstrucción. En los alrededores del templo se pueden apreciar ejemplos de la arquitectura doméstica, y en el lado opuesto del barranco se localizan las edificaciones posiblemente más antiguas con elementos formales del gótico.
En 1416 se comienza a levantar el primitivo convento de San Buenaventura mediante la autorización del Papa Benedicto XIII al prior Juan de Baeza que llega al Valle de Santa María con siete misioneros procedente del Convento de Abrojo en Castilla.. El convento será ampliado bajo el patrocinio de Diego de Herrera tras la toma de posesión del señorío en 1455 poniéndolo bajo la advocación de San Buenaventura. Sus moradores más conocidos fueron Fray Diego de Alcalá y Fray Juán de San Torcaz que posiblemente habitaron dicho convento antes de la llegada de Diego de Herrera e Inés Peraza a Fuerteventura. Los restos de la iglesia conventual que se conserva corresponderían a la reconstrucción del siglo XVII tras la invasión de Xaban Arráez. Cerca de la iglesia conventual se localiza la ermita de San Diego de Alcalá, relacionada con la cuevita donde meditaba el santo franciscano.
Todos estos elementos de la arquitectura doméstica, religiosa y militar (aún se puede apreciar parte del antiguo cuartel de milicias) son el reflejo de la importancia que durante siglos tuvo la Villa de Santa María de Betancuria como capital de la isla y como villa señorial además de marcar el inicio de la vida urbana en Canarias por lo que en 1979 es declarado “Conjunto Histórico”.