Desde el primer momento la Villa de Santa María de Betancuria ejercerá como capital en lo político-administrativo, como cabeza de señorío y sede del cabildo, en lo eclesiástico como única parroquia de la isla durante tres siglos, sede episcopal durante un corto periodo de tiempo (1424-1430) y sede de la Vicaría Franciscana de Canarias. Durante el siglo XV se consolidarán las instituciones propias de gobierno de la isla así como la capitalidad, condición que se reafirma al ser el lugar de residencia de las familias más importantes de la isla.
La capitalidad insular de la Villa de Santa Maria de Betancuria no será cuestionada hasta el siglo XVIII además de ser el único núcleo urbano de consideración en Fuerteventura por ello el desarrollo de la vida urbana en Fuerteventura se limitará durante varios siglos a La Villa de Santa Maria de Betancuria siendo escenario de los más tristes episodios de la historia de Fuerteventura. Como en 1593 cuando Fuerteventura es escenario del peor ataque pirático que sufre la isla en su historia a manos del pirata Xaban Arráez y que se salda con la destrucción de la Villa de Santa María de Betancuria. También fue escenario de las terribles hambrunas que han asolado a los majoreros durante siglos debido a los años improductivos por la falta de lluvias.
En el siglo XVII debido a la escasa población de la isla, La villa de Santa María de Betancuria se encuentra con muchas edificaciones en estado ruinoso por lo que el Cabildo obligaba a los habitantes de la isla a residir en la Villa entre los meses de Junio y Octubre, meses improductivos en el campo, por lo que obligaba a las familias que tenían residencia en Betancuria a mantenerlas en buen estado de conservación .
En los inicios del siglo XVIII, 1708, se produce la creación del cargo de Coronel de Milicias en el marco de la política centralista iniciada por la nueva dinastía borbónica. Este cargo será de nombramiento regio y entre sus funciones, además de la militar, estará la de ser un contrapeso al poder señorial. Pronto este cargo se hará hereditario recayendo en la familia Sánchez Dumpierrez- Cabrera que a mediados del siglo XVIII ya contaban con grandes propiedades por toda la isla. Muchas de estas propiedades estaban localizadas en los nuevos núcleos poblacionales (La Oliva, Pájara, Tetir, La Antigua) que habían surgido en las vegas de la isla consolidándose como las nuevas zonas productivas de la isla. Las nuevas oligarquías surgidas en estas localidades serán las que cuestionen la capitalidad de La Villa de Santa María de Betancuria y lo harán de forma abierta en el último tercio del siglo XVIII. El aislamiento geográfico y la lejanía de los principales puertos, ahora en la costa oriental de Fuerteventura, eran antaño garantía de seguridad y ahora causa de su decadencia como capital insular.
Uno de los elementos usados por los defensores del cambio de ubicación de la capital fue el componente religioso; la asistencia religiosa a los fieles no era la deseable por ser la Villa de Santa María de Betancuria la única parroquia de la isla. Durante tres siglos fue la parroquia matriz de la isla contando con dos beneficios desde 1533. Entre 1706 y 1712 se crearon las parroquias sufragáneas de La oliva y Pájara. En 1777 se crea la parroquia de Tetir y entre 1785 y 1790 se crearon las parroquias de Antigua, Tuineje y Casillas del Ángel. La pérdida de su exclusividad religiosa sería el preámbulo del cambio de ubicación de la capital.
Todavía en 1808 la Villa de Santa María de Betancuria era la capital indiscutida de la isla y del señorío de la isla. Por ello en ella se establece en 1808 la “Junta Gubernativa” trasladándose un año mas tarde a La Antigua pasando a ejercer como capital de la isla durante un tiempo. Llegada la etapa constitucional de 1812, y una vez disuelto los señoríos jurisdiccionales, se decreta que los pueblos con mas de 1000 habitantes podían constituirse como municipios según la jurisdicción parroquial. Por lo tanto aparecen los Ayuntamientos de Betancuria, Pájara, La Oliva, Tetir, La Antigua, Casillas del Ángel y Tuineje. Aunque administrativamente el Cabildo siguió funcionando en Betancuria hasta 1834 alternando las cesiones entre Betancuria, La Antigua y el Valle de Santa Inés en cuya ermita se confirmaba la elección de los dos “regidores cadañeros”, las esferas de poder ya no se encontraban allí sino en manos de los nuevos dueños (la familia Cabrera y los Manrique de Lara). Se puede decir que con la creación de los nuevos municipios el viejo Cabildo deja de tener vigencia al igual que la capitalidad de Betancuria. Desde ese momento la Villa de Santa María de Betancuria confirma su decadencia en lo político-administrativo pasando a un segundo plano en el marco político- administrativo y económico de Fuerteventura hasta nuestros días.
A la Villa de Santa María de Betancuria se la considera la Capital Histórica de Canarias ya que con su fundación en 1404 marcó el inicio de la vida urbana en Canarias al ser la primera ciudad levantada por los europeos, a pesar de que fue el segundo asentamiento fundado por los normandos. Además albergó las primeras instituciones de carácter regional en Canarias como la Vicaría Franciscana de Canarias y el Obispado de Fuerteventura con jurisdicción sobre toda Canarias excepto Lanzarote. También albergará desde su fundación todas las instituciones de gobierno de la isla al ser cabeza de señorío. La fundación y consolidación de la Villa de Santa María de Betancuria se produce cuando aún no se ha terminado de conquistar el resto de Canarias por lo que los dueños del señorío usaron a Fuerteventura como base para la conquista y evangelización del resto de islas no conquistadas.
Todos los aspectos que hemos descrito sobre la Villa de Santa María de Betancuria hacen que se la considere la Capital Histórica de Canarias además de marcar con su fundación el tránsito de la cultura aborigen a la cultura europea en Fuerteventura y por consiguiente en canarias, sin olvidar el papel que jugó San Marcial del Rubicón y Teguise.