La villa de Santa María de Betancuria fue fundada por los conquistadores normandos hacia el año 1404, durante el proceso de conquista de la isla de Fuerteventura, que se desarrolló en los primeros años del siglo XV.
Betancuria, junto con Rubicón en Lanzarote, fueron las primeras ciudades fundadas por los europeos en Canarias y Betancuria tomó su nombre del propio conquistador, Jean de Bethencourt.
Su emplazamiento en un valle interior, alejado de la costa y rodeado de montañas se debe a razones militares y estratégicas, se debe, por una parte a su fertilidad, presencia de agua y riqueza vegetal, en el contexto insular; y, por otra, a que esta ubicación ofrecía cierta seguridad y permitía una mejor defensa ante posibles ataques piráticos.
Sin embargo, esta situación no pudo impedir que cuando las hordas berberiscas de arraez Xabán invadieron la isla en el año 1593 llegaran hasta Betancuria, donde quemaron, destruyeron y desvalijaron los principales edificios, incluyendo la iglesia de Santa María.
Las primeras edificaciones que se levantaron en Betancuria durante el proceso de conquista fueron una torre defensiva denominada Valtarajal y una ermita, en la que el conquistador Jean de Bethencourt colocó en el año 1405 una imagen de la Virgen que había traído de Francia, aunque en la actualidad no se conservan estas construcciones.
Finalizada la conquista, Betancuria se convirtió en centro rector de la isla y en su territorio comenzó a asentarse una nueva sociedad, conformada por los colonos europeos y parte de la población aborigen que sobrevivió al proceso de conquista, implantándose una economía basada en las actividades agropecuarias, en la recolección de orchilla y en el comercio.
También se radicaron en Betancuria los señores territoriales de la isla, cuya casa-palacio se ubicó en la trasera de la iglesia; las principales autoridades civiles, religiosas y militares; y todas las instituciones y órganos de gobierno insulares. De este modo Betancuria se convirtió en “villa de señorío”, en capital de la isla con jurisdicción sobre todo el territorio insular.
Las principales instituciones y órganos de gobierno eran el señor territorial que ejercía la jurisdicción, nombraba todos los oficios públicos, percibía tributos y concedía “mercedes” de tierra; y el Cabildo, que se ocupaba de ordenar la vida insular y estaba compuesto por un alcalde mayor, los regidores y el escribano.
En el orden religioso se levantó hacia el año 1410 la iglesia de Santa María, erigida en parroquia única de la isla hasta el siglo XVIII. En 1416 los monjes franciscanos, procedentes de Castilla, abrieron un convento bajo la advocación de San Buenaventura, que fue nombrado patrono de la isla. En 1424 una Bula del Papa Martín V creó Diócesis de Fuerteventura, cuya jurisdicción comprendía todas las islas Canarias, excepto Lanzarote que contaba con el Obispado del Rubicón. Aquel Obispado fue suprimido en 1430 y su único titular fue Fray Martín de las Casas.
En torno a estos centros religiosos, y a medida que la población se incrementaba y expandía hacia los valles y llanos de la isla, fueron surgiendo ermitas a lo largo de los siglos XVI al XVII, tanto en la propia villa de Betancuria como en otros caseríos. En el territorio que actualmente pertenece al municipio de Betancuria se levantaron las ermitas de Santa Catalina, San Salvador, Santas Justa y Rufina, San Diego, San Sebastián, Santa Inés, Ntra. Sra. de la Peña y la iglesia del convento de San Buenaventura.
Todos estos templos dependían de la parroquia única de Betancuria hasta el siglo XVIII, en que se crearon nuevas parroquias y se levantaron varias ermitas en diferentes pueblos de la isla.
Hasta muy avanzado el siglo XVIII la economía de Betancuria y de toda la isla se fundamentó en la agricultura cerealera de secano, la ganadería, básicamente caprina, y el comercio de los excedentes agropecuarios. Tanto la agricultura como la ganadería dependían de la climatología, de modo que en los años lluviosos se obtenían abundantes cosechas, que permitían abastecer a la población de la isla y exportar excedentes al resto del Archipiélago y a Madeira.
Pero los años secos, que se sucedían con frecuencia, provocaban crisis carenciales que obligaban a la población a emigrar. Las crisis económicas, que comportaban importantes recesos demográficos, se sucedieron con carácter cíclico a lo largo de los siglos XVII y XVIII. Pese a ello en esta última centuria se registró un importante auge económico, con abundantes cosechas de cereales, a las que se unieron la explotación y comercialización de la barrilla, demandada en los mercados europeos para la obtención de sosa. Esta bonanza económica supuso un considerable incremento demográfico e influyó en la expansión de pueblos como Antigua, Tetir, Pájara, Casillas del Ángel y Tuineje.
La organización militar se basaba en compañías de milicias, formadas por los vecinos, cuyo máximo responsable era el señor territorial como supremo jefe militar y capitán a guerra, al que estaban subordinados los maestres de campo, alféreces y capitanes de milicias.
En el siglo XVII se creó el cargo de sargento mayor, subordinado al señor y máximo jefe militar en ausencia de éste.
A comienzos del XVIII se creó el Regimiento de Milicias y el cargo de coronel, al que se supeditaban todos los militares. Los coroneles eran la suprema autoridad militar en ausencia del señor y actuaron como jefes supremos, dado que los señores territoriales trasladaron su residencia a Tenerife desde la segunda mitad del siglo XVII.
En el siglo XVIII Betancuria comenzó a perder su carácter de centro rector de la isla, como consecuencia de la expansión de otros núcleos de población. En este siglo el gobierno militar se desplazó a La Oliva, donde establecieron su residencia los coroneles, en la denominada Casa de los Coroneles. Además se produjo la descentralización eclesiástica, creándose en 1708 las ayudas de parroquia de Ntra. Sra. de Regla en Pájara, y Ntra. Sra. de la Candelaria en La Oliva. En 1777 se erigió el curato sufragáneo de Santo Domingo de Guzmán en Tetir, y en el año 1792 se crearon las parroquias independientes de Santa Ana en Casillas del Ángel, San Miguel Arcángel en Tuineje y Ntra. Sra. de la Antigua, en el pueblo homónimo.
Pese a ello Betancuria continuó siendo capital de la isla y sede del Cabildo, principal órgano de gobierno insular, hasta la primera mitad del siglo XIX, en que la capitalidad pasa a Puerto de Cabras, hoy Puerto del Rosario.
En esta centuria se produjo la abolición de los señoríos en 1811, desapareció el antiguo Cabildo y se crearon los modernos ayuntamientos, dividiéndose la isla en ocho demarcaciones municipales: La Oliva, Tetir, Puerto de Cabras, Casillas del Ángel, Antigua, Tuineje, Pájara y Betancuria.
Ya en el siglo XX se produjo una nueva reestructuración municipal, que dio lugar a los 6 municipios actuales: Pájara, Tuineje, Antigua, Betancuria, Puerto del Rosario y La Oliva.
Con las reformas administrativas del siglo XIX Betancuria pasó a ser el municipio de menor extensión territorial de la isla. Pero su dilatada trayectoria histórica dejó su impronta en la pervivencia de un rico patrimonio cultural y artístico, que ha determinado la declaración de Betancuria como Conjunto Histórico en el año 1978. Este Conjunto Histórico es lugar de visita obligada para todas las personas interesadas en la cultura generada en la isla a lo largo del tiempo.
Actualmente el municipio de Betancuria está formado por los pueblos de Valle de Santa Inés, Vega de Río Palmas y la villa histórica de Betancuria, sede del ayuntamiento y capital municipal.